El óvulo es fecundado pero el cigoto no se desarrolla o bien se desarrolla y origina un individuo con menor viabilidad. Tanto en plantas como en animales se han observado numerosos ejemplos de este tipo de incompatibilidad. Así, cuando se realizan cruzamientos entre especies del género Rana, se observan resultados muy dispares según las especies involucradas. En algunos cruzamientos no se observa segmentación del cigoto (es decir, la inviabilidad del híbrido es extrema y se produce desde la primera mitosis); en otros, se produce con normalidad la segmentación así como los estadios de blástula, pero falla la gastrulación. Finalmente, en otros cruzamientos, los estadios iniciales son normales pero ocurren fallos en las fases finales del desarrollo embrionario.
Esto indica que estas especies se han diferenciado para los genes o complejos génicos que gobiernan el desarrollo embrionario y, tales diferencias determinan la inviabilidad de sus híbridos. En los mosquitos del género Culex se obtuvieron resultados muy parecidos, pero las diferencias se producían entre los cruzamientos recíprocos, por lo que se concluyó que las mismas son el efecto de la interacción entre los genes del núcleo de las células (heredado de ambos padres) y los genes de los orgánulos citoplasmáticos (heredados solamente desde el progenitor femenino a través del citoplasma del óvulo).
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